第41集
曹貴人因告發華妃罪行有功，被晉封為襄嬪。
端妃告知甄嬛後宮如政局，不可憑一己之力改變；另外還需特別防範襄嬪，也就是從前的曹貴人。
秀女大選的年份已到，未免宮中紛擾，皇帝提議推遲選秀；皇后建議不必大肆選秀，只在功臣家眷中選取四名適齡女子入宮即可，皇帝欣然接受。
新進宮的祺貴人之父與甄嬛父親同在都察院為官，祺貴人便要求與甄嬛同住，藉以博得了皇帝的關注。祺貴人在宮中與華妃狹路相逢並受了氣，三番五次地向皇帝挑唆。
甄嬛發現自己宮外屢屢受到華妃宮中內監肅喜的窺探，於是設計一舉搗毀華妃勢力；眉莊在旁相助，推倒火燭，不惜燒傷自己，告訴皇帝是華妃指使他人縱火，欲燒死居於碎玉軒的祺貴人並加害於甄嬛。
第42集
皇 帝最終下旨賜死華妃，華妃卻不願就死。甄嬛來到冷宮，替華妃送行。她親口告訴華妃，皇帝和太后當年為了防備年氏一族勢力過強，便在華妃專用的歡宜香中添加 了大量麝香，致使其終身不孕，並導致甄嬛昔日流産的事實。華妃聽聞真相後，絕望中撞墻而死。皇帝為示自己對華妃的厚愛，許她以貴妃名位入葬。
曹貴人得風寒無人照看，太醫院奉太后密旨在其藥物中下了失神之藥，致其噩夢連連，不斷夢見華妃來冤魂索命，最終驚懼而死，端妃獲聖旨撫養溫宜公主。
皇帝決定冊封甄嬛為妃，陵容在一旁假裝賀喜，被皇帝一同冊封為嬪。
第43集
除掉華妃之後，陵容向皇后説起皇帝稱甄嬛為“莞莞”一事，皇后感到甄嬛帶來的威脅，心生妒意。
皇后唆使祺貴人讓其父瓜爾佳鄂敏在前朝挑撥皇帝與甄父甄遠道之間的關係。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察覺到甄嬛愛讀政要史書，內心不悅，有意疏遠。
冊 封禮前，甄嬛發現禮服不妥，便草率地穿著內務府送來的替代禮服前往受禮現場。皇后當場指認甄嬛身上的衣服係已故純元皇后的舊衣，皇帝更是錯認甄嬛為純元； 皇帝被揭破秘密，尷尬惱怒，指責甄嬛冒犯純元皇后，將其囚禁於碎玉軒，非召不得出。甄嬛始知自己原來一直都是純元皇后的替身，徹底心碎。眉莊冒死奔走于皇 后與太后宮中為其求情，但兩宮都不願意出面幹預此事。
第44集
禁足於碎玉軒的甄嬛傷心欲絕，而此時的碎玉軒猶如冷宮一般。眾人備受欺淩，甄嬛因病重暈倒。流朱為替甄嬛求醫，強闖碎玉軒大門，卻遭到侍衛阻攔；流朱救主心切，絕望之下撲向侍衛手中的刀刃，血流不止，侍衛不得已向皇帝報告實情。
皇帝聞訊震怒，斥責侍衛失職，命溫實初速救甄嬛和流朱；流朱終因傷勢過重死去。
甄嬛醒來後意外發現自己懷孕，為保腹中胎兒平安，請求皇后照顧自己身孕，承擔一切後果。皇后不願答應，太后告誡她不可一錯再錯，更不許她拿烏拉那拉氏家族的榮華富貴開玩笑。甄嬛得知流朱為救自己而死，悲痛萬分。
溫實初告訴甄嬛，她所使用的舒痕膠中含有大量不易察覺的麝香，這才是導致她當年小産的根本緣由。甄嬛始知陵容惡毒。
第45集
眉莊獲知甄嬛懷孕卻仍被禁足，欲以探望，卻因宮規森嚴而不能前往；她囑咐溫實初要替自己照顧好甄嬛。
大 臣瓜爾佳鄂敏繼續在皇帝面前讒言、詆毀甄嬛父親甄遠道，皇帝心生戒備，最終下旨將甄遠道革職收監，其家眷圈禁府中，甄氏敗落。太后為甄嬛腹中的龍子考慮， 擔心她得知家族之事身體不妥，命孫姑姑傳信安撫甄嬛。陵容受皇后旨意，派新來的太監小貴子故意將甄父被大臣鄂敏告發革職入獄的消息告訴甄嬛，甄嬛一驚之下 動了胎氣。事成之後，陵容暗地裏派人把小貴子毒死已絕後患。甄父在獄中被人投毒，生命垂危。
甄嬛帶孕求見皇帝，皇帝態度冷淡；甄嬛此刻真正知道原來皇帝此前對自己的萬般寵愛只因自己的容貌與純元相似，一時之間痛心無比，受到刺激早産。
第46集
甄嬛痛苦中早産下一女，取名朧月，皇帝獲知興奮不已。甄嬛內心對皇帝絕望，自請離宮到甘露寺修行以保朧月平安。甄嬛拜託敬妃收養女兒朧月，替自己撫養女兒長大成人。甄嬛毅然離宮，眉莊、溫實初為其送行。
甄嬛遷居甘露寺，法號莫愁，入寺後備受欺淩；皇后趁機安插陵容、祺嬪(原來的祺貴人)等人好生伺候皇帝，在宮中大肆擴張勢力。眉莊為甄嬛的離去傷心不已。溫實初因其禦醫的特殊身份，獲准往來宮中及甘露寺兩地之間，暗中保護甄嬛。
果郡王獲知甄嬛出宮修行，趕來甘露寺探訪，為甄嬛帶來女兒朧月的畫像，安慰甄嬛思女之情。甄嬛感激。
第47集
皇后攜敬妃等一幹嬪妃赴甘露寺進香，甄嬛躲在立柱後不願相見。甄嬛看到眉莊時過於激動被祺嬪發現。祺嬪故意踩在甄嬛手上，迫使其因疼痛出聲而暴露；甄嬛被迫以狼狽落魄之相出來見皇后等人，皇后得意之下，囑咐祺嬪告訴寺中主持不必善待甄嬛。
眉莊回宮後求太后庇護甄嬛，並自請入住甄嬛的碎玉軒為其守宮，甘受冷落。敬妃撫養朧月盡心，卻因無意間在皇帝面前為甄嬛説情遭到斥責；太后眼見皇帝此舉，由女及母，擔心甄嬛安危，暗中派遣芳若每月定期探望甄嬛。
甄嬛偶遇果郡王生母舒太妃，二人十分投緣。甄嬛欲撮合浣碧與王爺的侍從阿晉相好，浣碧心中早已愛上果郡王，斷然拒絕了甄嬛的好意。
眉莊在宮中備受冷落，唯有溫實初悉心照顧；眉莊越發愛慕溫實初，卻發現此人一心只掛念甄嬛一人。
第48集
果郡王多次向甄嬛暗表情意，均被回絕。
宮中雖然皇后獨大，但皇帝仍舊不時牽掛甄嬛，皇后為此頗為頭疼。
甘 露寺眾尼不容甄嬛等人，被眾尼姑于病中趕出寺外。果郡王允禮獲悉後帶阿晉冒著大雪策馬趕來相救，將甄嬛送到清涼臺休息，甄嬛被徹底感動。溫實初牽掛甄嬛， 想盡辦法前來照顧，卻察覺出果郡王對甄嬛有意。甄嬛病重，允禮捨身相救，自己卻染了重病；甄嬛病情穩定後找到允禮，兩人的情感剛有一絲靠近時，皇帝帶著敬 妃、女兒朧月突然來到清涼臺探望允禮；甄嬛躲在屏風後看到女兒時百感交集，斷然拒絕允禮的一切好意。浣碧殷勤照顧得病的果郡王，表露愛慕之意，甄嬛病好後 立即離開果郡王住處。
第49集
皇帝在剷除年氏一族及其黨羽後，開始著手處置年氏同黨，自己的舅舅隆科多。隆科多乃是母親皇太后昔日的舊情人，皇帝始終認為此事讓自己顏面無存，決心將其剷除。
太后雖然不同意皇帝的做法，但身為母后，她必須要保護兒子的江山社稷。為了成全兒子，不忍昔日情人被自己的兒子賜死，也為保皇族聲譽，親自密訪隆科多，騙其喝下毒酒，親手毒死愛人，但事後太后因此事傷心不已。
溫實初發現甄嬛與果郡王二人相戀，深受打擊。太后因隆科多一事病重臥床不起，皇帝卻不予探望，只有眉莊天天在太後身邊悉心照顧。
第50集
陵容在宮中少了很多對手，為討好皇帝使盡渾身解數，導致皇帝縱欲過度高燒不退，太后知曉後大怒。
果郡王入宮侍疾，發現皇帝病中呼喚甄嬛昵稱，深受觸動，惶恐不安。
皇后發覺陵容已不似從前那麼容易掌控，竭力用祺嬪制衡陵容。
允禮、甄嬛二人攜手北遊，於山中撞見一遭毒蛇咬傷中毒的男子；甄嬛機智救助了該男子，通過男子的言語及手部特徵等斷定此人擅長拉弓射箭，應該是位準葛爾人。男子仰慕甄嬛的聰明伶俐，對其印象深刻。
皇帝病癒後對後宮舊人失去了興致，前往圓明園百駿園閒逛時，偶遇馴馬女葉瀾依，即刻被其桀驁不馴的獨特氣質所吸引，欲將其帶回後宮。
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